Hector, Historia Naturaleko Museoko gaueko zaindaria, lanera presatzen den bitartean, bainuontziko txorrota ixtea ahaztu eta, nahi gabe, New Yorkeko hiria urez betetzen du. Bere alaba Melissa erreskatera joaten da museoko erakustaldiek bizia hartzen duten bitartean. Balea urdinak eta txipiroi erraldoiak museoa itsaso zabalerantz bultzatzen dute. Melissa urperatu egiten da arrain zelakanto baten eboluzioari buruzko lezioa jasotzeko. Goizean, museoa modu seguruan itzultzen da bere ohiko lekura, Hectorrek iturria ixten du eta Melissaren dibertimendurako desordena garbitzen du.
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Mientras Héctor, el guardia nocturno del Museo de Historia Natural, se apura hacia el trabajo, olvida cerrar el grifo de la bañera y, sin querer, inunda la ciudad de Nueva York. Su hija Melissa acude al rescate mientras las exhibiciones del museo cobran vida. La ballena azul y el calamar gigante empujan el museo hacia el océano abierto. Melissa se sumerge para recibir una lección de evolución de un pez celacanto. Por la mañana, el museo regresa de manera segura a su lugar habitual, Héctor cierra el grifo y limpia el desorden para la diversión de Melissa.