Lurpeko matxura bat konpontzen ari diren bitartean, Mario eta Luigi iturgin anaiak hodi misteriotsu batetik bidaiatuko dute mundu magiko batera. Baina anaiak banandu egingo dira, eta Mariok misio epiko bati ekin beharko dio Luigi aurkitzeko. Toad txanpinoiaren eta Peach printzesa gerlariaren laguntzarekin, barnean duen botere guztia aurkitu beharko du Mariok.